Ada beberapa perbedaan antara Qur'an dengan hadis Kudsi dan yang terpenting ialah:
1 Al-Qur'anul Karim adalah kalam Allah yang diwahyukan kepada Rasulullah dengan lafalnya, dan dengan itu pula orang Arab ditantang; tetapi mereka tidak mampu membuat seperti Qur'an itu, atau sepuluh surah yang serupa itu, bahkan satu surah sekalipun. Tantangan itu tetap berlaku, karena Qur'an adalah mukjizat yang abadi hingga hari kiamat. Sedang hadis kudsi tidak untuk menantang dan tidak pula untuk mukjizat.
2 Al-Qur'anul Karim hanya dinisbahkan kepada Allah sehingga dikatakan: Allah Ta'ala telah berfirman. Sedang hadis kudsi - terkadang diriwayatkan dengan disandarkan kepada Allah; sehingga nisbah hadis kudsi kepada Allah itu merupakan nisbah dibuatkan. Maka dikatakan: "Allah telah berfirman atau Allah berfirman." Dan terkadang pula diriwayatkan dengan disandarkan kepada Rasulullah s.a.w tetapi nisbahnya adalah nisbah kabar, karena Nabi yang menyampaikan hadis itu dari Allah. Maka dikatakan: Rasulullah s.a.w mengatakan mengenai apa yang diriwayatkan dari Tuhannya.
3 Seluruh isi Qur'an dinukil secara mutawatir, sehingga kepastiannya sudah mutlak. Sedang hadis-hadis kudsi kebanyakannya adalah khabar ahad, sehingga kepastiannya masih merupakan dugaan. Adakalahnya hadis kudsi itu sahih, terkadang hasan (baik) dan terkadang da'if (lemah).
4 Al-Qur'anul Karim dari Allah, baik lafal maupun maknanya. Maka ia adalah wahyu, baik dalam lafal ataupun maknannya. Sedang hadis kudsi maknanya saja yang hari Allah, sedang lafalnya dari Rasulullah s.a.w. Hadis kudsi ialah wahyu dalam makna tetapi bukan dalam lafal. Oleh sebab itu, menurut sebagian besar ahli hadis diperbolehkan meriwayatkan hadis kudsi dengan maknanya saja.
5 Membaca al-Quranul Karim merupakan ibadah; karena itu ia dibaca di dalam solat.
"Maka bacalah apa yang mudah bagimu dari Qur'an itu" (al-Muzammil [73]:20)
Nilai ibadah membaca Qur'an juga terdapat dalam hadis:
"Barangsiapa membaca satu huruf dari Qur'an, dia akan memperoleh satu kebaikan. Dan kebaikan itu akan dibalas sepuluh kali lipat. Aku tidak mengatakan alif lam mim itu satu huruf. Tetapi alif satu huruf, lam satu huruf dan mim satu huruf" (HR Tirmizi dari Ibn Mas'ud; yang mengatakan hadis itu hasan dan sahih)
Sedang hadis kudsi tidak disuruh membacanya di dalam solat. Allah memberikan pahala membaca hadis kudsi secara umum saja. Maka membaca hadis kudsi tidak akan memperoleh pahala seperti yang disebutkan dalam hadis mengenai membaca Qur'an bahwa pada setiap huruf mendapatkan sepuluh kebaikan.